O desafio esta lançado, terei que customizar mais ainda o linux que roda o aplicativo que desenvolvemos em java.
Isso leva um certo tempo pesquisando e estudando a melhor forma, mas já tenho tudo na mente e vou escrever aqui pois entro logo de férias e volto só em janeiro de 2007 então farei mais ou menos um plano do que tenho que instalar para não esquecer.

O PROBLEMA

A idéia será 1- ligar a workstation carregar um tela de boot com o logo do software enquanto isso o linux carrega, 2-) após isso será iniciado somente o ambiente X configurado sem mouse e com touchscreen e carregado a aplicação java. 3-) durante o boot foi carregado o serviço apache que tem uma aplicação em php, que assim como o software do java usa um banco Mysql.
O usuário pode usar o aplicativo JAVA na wokstation e também via WEB por um browser via rede.

Aplicação java já são outros quinhentos, mas garantem diversão pois tem brincadeiras de sockets comunicação com paralela e seriais whiles infinitos, tempo de resposta etc….

Do jeito Velho
Tudo isso já funciona de um certa maneira, mas não tão estável e atual como deve ser.
Usamos um RedHat9.0 , Java 1.4, Apache2 PHP5, Mysql4.
GDM logando automáticamente e GNOME carregando o Aplicativo java entre ouras gambiarras.

Do jeito Novo
Debian 4.0 (etch), Apache2+php5, Mysql 5.0, Java 1.5, com auto login e carregando o X somente com o aplicativo JAVA.
E com bootsplash durante o boot, eliminando aqueles OK que todos ficam com medo no linux. Compilação do kernel somente com o necessário, de acordo com o hardware da workstation. Limpeza do boot deixando mais ágil desabilitando serviços desnecessários.
Com certeza melhora e muito com todos os ajustes e é uma estrutura mais segura.

Plano de Vôo
1) Instalar o debian etch de um jeito bem puro usando o cd netInstall, apenas com o necessário.
2) Instalar os pacotes necessário, tudo do debian etch
Pós isso terei que fazer um comando poderoso, com tudo que vou precisar nesta instalação.

sun-java2-jdk x-window-system mysql-server-5 apache2 libapache php5 gd-php5 gcc (e mais o que eu esqueci)

Lógico que não será somente esses pacotes, mas isso é o básico e o principal para minha necessidade.
3) Terei que fazer o bixo bootar automaticamente carregar o ambiente X com meu app em java :), para isso vou compilar um script chamado auto-login seguir dicas da comunidade, além dessas dicas entrei em contato com mais 2 pessoas que conhecem bem essas paradas e estão me dando mais dicas um deles tem o Blogdoboot, e o outro da lista.

4) Quanto ao bootsplash ainda estou pesquisando, achei várias dicas, e ainda estou recebendo ajuda da lista (debian-user-portuguese@lists.debian.org), acredito que vou me virar bem, é meio chato recompilar o kernel, mas isso deixo por último.

5) Configurar mysql, apache, php e java, algumas horinhas para deixar tudo fechadinho e seguro, logo copio os arquivos . Dar um trato na incialização deixando o boot mais rápido removendo módulos(poucos pois o kernel será recompilado) desnecessários e serviços.
6) Copiar os arquivos de instalação, vou fazer um backup da instalação clonando o HD, e também copiando os arquivos de conf e também os arquivos /var/cache/apt/archives.
7) Instalação em massa, as máquinas são idênticas então é instalar um e com um comando(dd) clonar os hds, farei backup dos arquivos instalados pra caso daqui algum tempo mude um hardware, resinsta-lo o Debian etch copio os pacotes no /var/cache/apt/archives  instala-lo eles com um apt-get dist-upgrade, e volto os arquivos de configuração posso fazer até sh para isso.

Bumba meu pinguim, em janeiro eu posto se meu plano deu certo. Linux é o poder!